ZEISS ZEN Intellesis pour la segmentation d'images en microscopie

Utilisez le pouvoir du Deep Learning pour segmenter facilement vos images

Aussi belles que soient les images microscopiques, leur valeur réelle réside dans les données qu'elles fournissent. La segmentation d'image est actuellement l'un des plus grands défis de la microscopie et le fondement de toutes les étapes ultérieures d'analyse d'images. ZEN Intellesis utilise des techniques établies d'apprentissage automatique alimentées par Python, telles que la classification des pixels et l'apprentissage en profondeur (deep learning) pour créer facilement des résultats de segmentation robustes et reproductibles, même pour les non-experts. Vous pouvez entraîner le logiciel en une seule fois, puis ZEN Intellesis peut segmenter automatiquement un lot de centaines d'images. Vous gagnez du temps et minimisez les biais des utilisateurs. Pour plus d'informations et de détails techniques, veuillez utiliser la ressource Open Application Development - Machine Learning

Points forts

Utilisez le Deep Learning pour segmenter vos images

Pour obtenir des données fiables à partir d'images, vous devez souvent segmenter différentes classes d'objets au sein de plusieurs images. Avec ZEN Intellesis, vous pouvez désormais utiliser votre expertise pour entraîner le logiciel sur quelques images. Toutes les étapes de segmentation chronophages sur une centaine d'images similaires sont effectuées par les puissants algorithmes d'apprentissage automatique (y compris le Deep Learning) du module logiciel ZEN Intellesis. Les outils en Python offrent une classification des pixels avec une véritable extraction de caractéristiques multicanal et une segmentation par des réseaux pré-entraînés * 2. Même des données multidimensionnelles et multimodales complexes peuvent être analysées, quelle que soit leur origine. Le logiciel permet même d'importer et d'utiliser vos propres modèles de deep learning.

Profitez d'une intégration fluide des flux de travail

Le module logiciel ZEN Intellesis facilite l'utilisation du machine learning : il vous suffit de charger votre image, de définir vos classes, d'étiqueter les pixels, d'entraîner votre modèle et d'effectuer la segmentation de l'image. Pour des tâches courantes telles que la segmentation du noyau, on peut même importer un modèle pré-entraîné, qui peut être utilisé pour segmenter et analyser des ensembles de données complets. De plus, il est même possible d‘entraîner votre propre réseau et de l‘importer dans ZEN. (La création de réseaux pré-entraînés personnalisés est également disponible en tant que service payant). ZEN Intellesis est entièrement intégré dans le cadre d'analyse d'image de ZEN Blue et du logiciel d'imagerie de base ZEN et prend en charge les scripts. Cette intégration garantit que toutes les précieuses métadonnées restent connectées et sont disponibles pour les étapes de traitement ultérieures.

Analyser des images multimodales à partir de diverses sources, dans de nombreux formats

Avec le module logiciel ZEN Intellesis, vous pouvez facilement segmenter des images multidimensionnelles à partir d'une multitude de sources d'imagerie différentes, aussi diverses que :
  • Microscopie à champ large
  • Microscopie à super-résolution
  • Microscopie à fluorescence
  • Microscopie sans étiquett
  • Microscopie confocale
  • Microscopie à feuille de lumièr
  • Microscopie électronique
  • Microscopie à rayons X

 

Avec ZEN Connect [lien vers votre page ZEN Connect locale], vous pouvez combiner des images de différents microscopes à partir du même échantillon et utiliser ces résultats pour extraire des informations encore plus précieuses en utilisant ZEN Intellesis. Le logiciel utilisera en même temps des caractéristiques d'image de toutes les modalités pour segmenter les structures d'intérêt. En important des images OME-TIFF ou TXM directement ou en utilisant la fonction d'importation tierce, ZEN Intellesis peut également être utilisé pour segmenter toutes les images compatibles avec Bio-Formats.
 

Exemples d'applications pour les sciences de la vie

1. Analyse d'une égratignure

Image unique du film time-lapse enregistré. Résultat de la segmentation de ZEN Intellesis
Image unique du film time-lapse enregistré.
Résultat de la segmentation de ZEN Intellesis - zone à gratter (turquoise), couche cellulaire (orange) et cellules mitotiques (rouge).
scratch area measured over time
Sur la base des résultats de la segmentation ZEN Intellesis, la taille de la zone de grattage a été mesurée dans le temps à l’aide du module ZEN Image Analysis.

2. Epines et dentrites

Épines sur une dendrite
Dendrite d'un neurone exprimant la protéine fluorescente verte. Image acquise avec une illumination structurée sur un Elyra PS.1 montrant des épines sur une dendrite.
La segmentation avec ZEN Intellesis donne une séparation nette
La segmentation avec ZEN Intellesis entraîne une nette séparation des épines (vert) de la dendrite (rouge) et de l'arrière-plan (bleu).

3. Drosophile

Micrographie à rayons X d'une Drosophile (ou mouche du vinaigre).
Micrographie à rayons X d'une Drosophile. 1400 diapositives Z-stack de la mouche du fruit entier acquise avec ZEISS 520 Versa.
Micrographie à rayons X d'une Drosophile.
Résultat de segmentation obtenu avec ZEN Intellesis - exosquelette (rouge), structures internes (bleu et jaune), fond (vert)
Micrographie à rayons X d'une Drosophile.
Rendu modèle 3D basé sur la classe d'exosquelette.

Exemples d'applications pour l'analyse des matériaux

XRM Sandstone – Original
XRM Sandstone – Original
XRM Sandstone – Labeled
XRM Sandstone – Labeled
XRM Sandstone – Trained & Segmented
XRM Sandstone – Trained & Segmented
XRM Sandstone – IP Function Output
XRM Sandstone – IP Function Output

Comment segmenter vos images

 
 

Téléchargement d'essai gratuit

Logiciel d'apprentissage automatique ZEISS ZEN Intellesis

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Téléchargements

ZEISS ZEN Intellesis for Life Science

Image Segmentation for 2D and 3D Datasets

Page: 2
Volume de fichier: 1149 kB

ZEISS ZEN Intellesis for Materials Science

Your Imaging Software for Machine Learning

Page: 2
Volume de fichier: 2262 kB

Advanced Segmentation for Industrial Materials

Learn about machine learning – a solution to the segmentation problem with ZEISS ZEN Intellesis for initial data generation or analysis and processing of a segmented image.

Page: 11
Volume de fichier: 4794 kB

ZEISS ZEN Intellesis

Machine Learning Approaches for Easy and Precise Image Segmentation

Page: 8
Volume de fichier: 5151 kB

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