ZEISS ZEN - Moniteur avec ZEN
Logiciel

Logiciel de microscopie ZEN

Votre solution complète : de l'échantillon au résultat

ZEN est l'interface utilisateur universelle qui équipe tous les systèmes d'imagerie de ZEISS. Pour les tâches simples et courantes, ZEN vous mène directement au résultat. Pour les expériences de recherche plus complexes, ZEN offre la souplesse nécessaire pour concevoir des processus multidimensionnels adaptés à vos besoins. Quelle que soit la tâche de microscopie à mener à bien, vous trouverez des outils et des modules intuitifs pour vous aider...

  • Capturez des images grâce à une automatisation intelligente
  • Traitez les images à l'aide d'algorithmes scientifiquement éprouvés
  • Visualisez des données volumineuses grâce à un moteur 3D alimenté par un processeur graphique (GPU)
  • Analysez les images grâce à des outils basés sur l'apprentissage automatique
  • Bénéficiez de la mise en corrélation entre microscopes optiques et électroniques
ZEISS ZEN - Smart Aquisition

Smart Acquisition

Réussissez vos expériences les plus complexes

Profitez de la même interface conviviale sur tous vos appareils. Smart Setup, le centre de contrôle intelligent, génère automatiquement les paramètres nécessaires, quel que soit le type de microscope. Vous cherchez à obtenir des expériences reproductibles ? Pour peu que vous disposiez d'une image brute issue d'une précédente acquisition, un simple clic reproduit précisément l'expérience. Vous découvrirez de nombreux autres outils d'automatisation intelligents, notamment pour la détection des événements rares et l'étalonnage du matériel.

ZEISS ZEN - Traitement quantitatif

Traitement quantitatif

Des résultats fiables et reproductibles

Plus de 180 outils de traitement d'image vous aident à transformer et à gérer vos données. Saisissez simplement le mot clé de la méthode souhaitée, par exemple kymographe ou déconvolution, pour que ZEN vous y mène directement. ZEN lit les métadonnées de l'image source, affiche ensuite uniquement les étapes logiques du traitement et optimise automatiquement les paramètres par défaut. Vous pouvez même traiter des images d'autres plateformes à l'aide d'outils d'importation tiers. Dans un espace de travail dédié, traitez facilement des images par lots et obtenez des résultats quantitatifs et fiables.

ZEISS ZEN - Visualisation puissante

Visualisation puissante

Interagissez en toute confiance avec vos big data

Générez rapidement un balayage mosaïque en 2D de grande taille et multicanaux à un fort grossissement et effectuez un zoom avant et arrière fluide en utilisant simplement la souris, comme pour une application de cartographie sur votre smartphone. Vous disposez déjà de 200 Go de données sur le cerveau d'une souris ? Il vous suffit de les charger dans ZEN : la rapidité et la clarté des différentes méthodes de rendu 3D vous surprendront. Grâce à la technologie arivis ImageCore et à l'utilisation efficace des ressources système, vous pouvez visualiser vos images 3D volumineuses sur du matériel grand public ordinaire.

ZEISS ZEN - Une analyse efficace

Analyse sans effort

De nouvelles perspectives sur votre recherche

L'analyse d'image de microscopie est essentielle pour extraire des informations pertinentes à l'aide d'outils numériques de segmentation et de recalage. À cette fin, ZEN propose des outils simples et modulaires, les Bio Apps. Chaque Bio App est optimisée pour un type d'application, par exemple le comptage cellulaire ou la mesure de la confluence, avec des paramètres de segmentation adaptés et une présentation simplifiée des données. L'assistant du module ZEN Image Analysis vous guide pas à pas pour créer vos mesures uniques.

ZEISS ZEN - Microscopie corrélative unique

Microscopie corrélative unique

Combinaison de perspectives entre les différentes échelles et modalités

ZEN superpose, explore et organise vos données multimodales. Vous passez des jours à localiser péniblement les synapses entre deux neurones afin d'obtenir des informations ultrastructurales ? Votre efficacité s'améliorera significativement si vous combinez le grand champ d'observation d'un microscope à fluorescence à champ large et la résolution élevée d'un microscope électronique à émission de champ. Grâce à ZEN, visualisez rapidement la totalité de la coupe contenant les marqueurs fluorescents en identifiant et déplaçant les régions d'intérêt (ROI) pour l'imagerie EM.

ZEISS ZEN - Stockage sécurisé

Stockage sécurisé

Gérez vos données complexes en toute confiance

ZEN stocke chacune de vos expériences précieuses avec toutes les métadonnées correspondantes.

Le format de fichier .czi est compatible avec Bio-Formats et peut être lu directement par ImageJ et de nombreux logiciels tiers. Exportez vos données au format OME-TIFF (Open Microscopy Environment) pour faciliter l'échange de données d'images entre plateformes.

Afin de gérer d'énormes volumes de données, ZEN fournit une plateforme centrale basée sur un serveur. Cette plateforme permet de gérer le stockage et l'organisation de vos données brutes, mais aussi vos droits d'accès des utilisateurs. Quant à ZEN Data Explorer, il permet un accès par navigateur depuis n'importe quel appareil.

La structure ZEN Toolkit

Aperçu des principaux ZEN toolkits
Aperçu des principaux ZEN toolkits

Accès simplifié à d'infinies possibilités

Le logiciel ZEN est une solution complète de bout en bout pour tous les utilisateurs de microscopie. Il évolue sans cesse pour prendre en charge les nouvelles applications en sciences de la vie grâce à des fonctionnalités supplémentaires, par exemple l'acquisition intelligente automatisée, l'analyse intuitive des images et la gestion des données à partir du cloud. Cependant, ces capacités avancées accentuent la complexité de l'écosystème ZEN. Avec la structure ZEN Toolkit, vous disposez d'options simplifiées qui améliorent l'accessibilité aux nombreuses fonctionnalités. Personnalisez votre installation ZEN avec des toolkits conçus pour l'acquisition, l'analyse et des fonctions spéciales en fonction des besoins de vos expériences.

ZEN Toolkits

  • Base
    Acquisition d'images de base pour des expériences en time-lapse et en fluorescence multicanaux avec des microscopes manuels, codés et motorisés.

    Motorized Focus
    Acquisition d'images de fluorescence multicanaux, des expériences time-lapse et pile Z, avec autofocus logiciel, traitement de la profondeur de champ étendue et traitement direct.

    Motorized
    Acquisition d'images en fluorescence multicanaux, time-lapse, pile Z, balayage mosaïque et expériences multipositions avec mise au point automatique par logiciel, traitement de la profondeur de champ étendue et traitement direct.

    Advanced
    Acquisition d'images en fluorescence multicanaux, time-lapse, pile Z, balayage mosaïque et expériences multipositions et confocales HDR avec mise au point automatique par logiciel, traitement de la profondeur de champ étendue, traitement direct et analyse de la colocalisation.

    Smart
    Configuration d'expériences d'acquisition inhomogène à l'aide d'une interface utilisateur simple, et acquisition adaptative et automatisée à l'aide d'outils d'analyse d'image ou de script Python.

  • 2D
    Utilisation de fonctions avancées de traitement d'images et réalisation d'analyses automatiques d'images 2D guidées par un assistant logiciel intuitif.

    3D
    Utilisation de fonctions étendues de traitement d'images, visualisation de piles d'images 3D/4D avec des outils de rendu avancés et réalisation d'analyses d'images 3D guidées par un assistant logiciel intuitif.

    Vision4D
    Visualisation et analyse de données 3D/4D de taille illimitée grâce aux pipelines flexibles et aux outils d'apprentissage automatique de la plateforme logicielle autonome Vision4D.

    IA
    Segmentation, classification et débruitage des images à l'aide d'algorithmes d'apprentissage profond accessibles par une interface utilisateur dédiée à l'entraînement des modèles d'IA.

    Connect
    Acquisition et corrélation d'images provenant de différents instruments tels que des microscopes optiques et électroniques, avec un espace de travail centré sur l'échantillon et un système de gestion de fichiers dédié.

    Developer
    Personnalisation et automatisation de l'acquisition, du traitement et de l'analyse des images avec un éditeur de script Python dédié à l'enregistrement, au débogage et à la complétion de code.

    Quantification moléculaire
    Acquisition et analyse de la dynamique moléculaire à l'aide de l'imagerie FRAP, FRET et de ratio dans un espace de travail d'analyse dédié utilisant les algorithmes les plus réputés. 

    Déconvolution
    Amélioration intuitive de la résolution des données 2D et 3D jusqu'à 120 nm à l'aide de 15 algorithmes de déconvolution publiés, optimisés par un traitement multi-CPU/multi-GPU efficace.

    Bio Apps
    Numération cellulaire, mesure de la confluence, détection des taches et expression des gènes et des protéines avec segmentation basée sur l'IA et présentation personnalisée des résultats.

Points forts de la dernière version de ZEN

Découvrez si vous pouvez bénéficier des dernières fonctionnalités disponibles avec la version la plus récente de ZEN.

  • Segmentation d'instances

    Segmentation d'instances

    La fonction de segmentation d'instances a subi d'importantes mises à jour qui amélioreront la qualité de la segmentation et le délai d'obtention des résultats :

    • Réduction significative des temps d'apprentissage des modèles
    • Modèles de segmentation d'instances multicanale dans ZEN Image Analysis
    • Coloration aléatoire d'objets pour la visualisation d'objets denses
    • Téléchargement à distance de modèles pour les systèmes dont l'accès à l'internet est restreint
    Compression sans perte

    Compression sans perte

    La compression rapide sans perte avec Zstd est désormais disponible de série pour l'acquisition d'images avec ZEN.

    • Grâce à des taux de compression compris entre 2X et 20X, vous bénéficierez de taux de transfert de fichiers rapides et de coûts de stockage de données réduits.
    • Pour effectuer très facilement la compression par lots d'archives de données existantes, vous pouvez utiliser notre outil autonome gratuit CZI Shrink
    Direct Processing

    Direct Processing

    Dans cette version, l'outil de traitement direct (Direct Processing) bénéficie des améliorations suivantes :

    • Réduction de la charge de calcul de votre système d'acquisition en exécutant le débruitage IA et le démixage linéaire (pour l'imagerie spectrale LSM) sur un poste de travail à distance.
    • Direct Processing est désormais compatible avec l'acquisition en mode mixte sur les systèmes LSM et Celldiscoverer 7.
    Boîte à outils Connect

    Boîte à outils Connect

    Votre imagerie corrélative bénéficie des derniers ajouts de la boîte à outils ZEN Connect :

    • Dynamics Profiler est désormais intégré à l'espace de travail Connect.
    • Des captures d'écran prêtes à être publiées peuvent être créées à partir de données 3D multi-volumes.
  • Sélection automatique de profil ZEN

    Sélection automatique de profil ZEN

    Simplifiez votre démarrage dans ZEN
    Le démarrage de ZEN avec le profil approprié a été encore simplifié. Alors que ZEN se configurait auparavant en fonction des licences disponibles (partiellement complexes), il accède désormais directement aux profils MTB ZEN disponibles.

    Des données plus volumineuses. Un traitement plus rapide.

    Traitement de grandes quantités de données

    Des données plus volumineuses. Un traitement plus rapide.
    En raison des ensembles de données toujours plus nombreux, le traitement de grandes quantités de données reste un sujet clé pour les utilisateurs de microscopes. La compression sans perte ZSTD peut désormais être définie par défaut pour les acquisitions d'images, ce qui permet d'augmenter les taux de transfert de fichiers et d'optimiser le stockage des données. En outre, les algorithmes de projection d'intensité maximale, d'assemblage de tuiles et de génération de pyramides d'images ont été considérablement accélérés.

    Assemblage dans Direct Processing

    Assemblage dans Direct Processing

    Pré-traitement plus rapide et automatisé des images
    Direct Processing, l'outil de gestion des flux de tâches de renom, est désormais associé à un nouvel outil. ZEN 3.8 permet d'intégrer l'assemblage directement dans vos processus d'acquisition automatisés, tout en offrant un gain de performance grâce à l'optimisation des algorithmes et au traitement parallèle.

    Image d'une coupe de tige de convallaria capturée avec ZEISS Axio Imager et segmentée avec l'outil de segmentation d'instances

    Segmentation d'instances

    La révolution de la segmentation se poursuit…
    La segmentation d'instances est désormais disponible pour les annotations et les formations sur la plateforme cloud d'IA d'arivis. Dans ZEN, l'assistant d'analyse d'image et la boîte à outils Bio Apps sont prêts à intégrer cette nouvelle fonctionnalité d'IA dans vos flux de tâches. La fonction de segmentation d'instances résout le problème de la séparation précise des objets, même s'ils sont très proches les uns des autres, sans recourir à des algorithmes décisifs limités et sujets aux erreurs.

  • Gagnez en flexibilité d'utilisation et optimisez l'exploitation de vos postes de travail.

    Licences flottantes

    Gagnez en flexibilité d'utilisation et optimisez l'exploitation de vos postes de travail.
    L'introduction de licences flottantes pour ZEN et ses packs de boîtes à outils élargissent les possibilités d'utilisation dans votre établissement. Alors que les utilisateurs de ZEN étaient auparavant restreints à un poste de travail particulier, vous n'êtes plus limité et pouvez désormais utiliser les ressources de votre infrastructure avec davantage de flexibilité.

    Comparaison des mesures Zstandard avec d'autres solutions de compression

    Comparaison des mesures Zstandard avec d'autres solutions de compression 
    Source : https://engineering.fb.com/2018/12/19/core-data/zstandard/

    Compression d'images par Zstandard

    Utilisez tout le potentiel de votre système d'imagerie.
    Les taux d'acquisition des systèmes d'imagerie avancés peuvent facilement dépasser les vitesses de stockage des données, limitant ainsi les expériences sur les données volumineuses. ZEN est maintenant équipé d'une compression Zstandard rapide et sans perte. Des taux de compression jusqu'à 20 fois supérieurs accélèrent le stockage des données et optimisent l'économie des données. Zstandard est intégré au module de traitement direct et aux systèmes ZEISS Lattice Lightsheet 7. Il est également disponible en option pour toutes les données au format .czi.

     

    Pack Smart Acquisition

    Sélection des classes pour les scans détaillés : cellules positives en vert à côté des zones sombres

    Pack Smart Acquisition

    Sélection des classes pour les scans détaillés : cellules positives en vert à côté des zones sombres

    Sélection des classes pour les scans détaillés : cellules positives en vert à côté des zones sombres

    Pack Smart Acquisition

    Améliorations des flux de tâches de l'acquisition guidée
    Le module d'acquisition guidée a été doté de nouvelles fonctions pour des flux de tâches encore plus complexes dans le domaine de l'imagerie intelligente. Ainsi, il inclut désormais une sélection de classes entièrement développée dans l'assistant d'analyse d'images et permet des ajustements précis sur la quantité d'acquisitions détaillées à effectuer.

    Compatibilité avec l'intelligence artificielle (IA)

    Compatibilité avec l'intelligence artificielle (IA)

    L'architecture à modèle ouvert permet l'échange de modèles.
    Les outils d'apprentissage profond sont devenus omniprésents dans les logiciels d'analyse d'images, et la gamme de logiciels de ZEISS ne fait pas exception. Pour faciliter l'échange de modèles, ZEN et Vision4D sont compatibles avec les modèles d'apprentissage profond d'APEER et les modèles tiers. Appliquez gratuitement vos modèles préférés dans les flux de tâches déjà établis.

Téléchargements

    • ZEN Microscopy Software

      Your Complete Solution from Sample to Knowledge

      Pages: 32
      Taille du fichier: 5 MB
    • ZEN Data Storage and Data Explorer

      Smart data management in life sciences

      Pages: 4
      Taille du fichier: 2 MB
    • ZEN 3D Toolkit

      Visualization and Analysis of 3D Volume Models

      Pages: 4
      Taille du fichier: 1 MB
    • Quick Guide ZEN (blue edition)

      Pages: 22
      Taille du fichier: 3 MB

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